7  生长包线

生长包线（又名表型相平面）将显示出不同的最佳生长阶段，使用两种不同的底物。有关详细信息，请参阅 Edwards et al.

Cobrapy 支持计算这些Production envelopes，并且可以使用您喜欢的绘图包轻松绘制它们。在这里，我们将为“教科书”制作一个_E.coli_核心模型，并演示使用matplotlib.

from cobra.io import load_model
from cobra.flux_analysis import production_envelope

model = load_model("textbook")

我们想制作一个表型相平面来评估葡萄糖和氧气的摄取。

prod_env = production_envelope(model, ["EX_glc__D_e", "EX_o2_e"])

prod_env.head()

	carbon_source	flux_minimum	carbon_yield_minimum	mass_yield_minimum	flux_maximum	carbon_yield_maximum	mass_yield_maximum	EX_glc__D_e	EX_o2_e
0	EX_glc__D_e	0.0	0.0	NaN	0.000000	1.750832e-14	NaN	-10.0	-60.000000
1	EX_glc__D_e	0.0	0.0	NaN	0.072244	1.310050e+00	NaN	-10.0	-56.842105
2	EX_glc__D_e	0.0	0.0	NaN	0.144488	2.620100e+00	NaN	-10.0	-53.684211
3	EX_glc__D_e	0.0	0.0	NaN	0.216732	3.930150e+00	NaN	-10.0	-50.526316
4	EX_glc__D_e	0.0	0.0	NaN	0.288975	5.240200e+00	NaN	-10.0	-47.368421

如果我们指定碳源，我们也可以得到碳和质量产量。例如，暂时将目标设置为生产醋酸纤维，我们可以得到如下Production envelopes并且使用pandas来快速绘制结果。

prod_env = production_envelope(
    model, ["EX_o2_e"], objective="EX_ac_e", carbon_sources="EX_glc__D_e")

prod_env.head()

	carbon_source	flux_minimum	carbon_yield_minimum	mass_yield_minimum	flux_maximum	carbon_yield_maximum	mass_yield_maximum	EX_o2_e
0	EX_glc__D_e	0.0	0.0	0.0	0.000000	5.340670e-16	5.251029e-16	-60.000000
1	EX_glc__D_e	0.0	0.0	0.0	1.578947	5.263158e-02	5.174819e-02	-56.842105
2	EX_glc__D_e	0.0	0.0	0.0	3.157895	1.052632e-01	1.034964e-01	-53.684211
3	EX_glc__D_e	0.0	0.0	0.0	4.736842	1.578947e-01	1.552446e-01	-50.526316
4	EX_glc__D_e	0.0	0.0	0.0	6.315789	2.105263e-01	2.069927e-01	-47.368421

%matplotlib inline

prod_env.plot(
    kind='line', x='EX_o2_e', y='carbon_yield_maximum');

以前版本的 cobrapy 包括更多定制的相平面图，现在已被删除，以提高可维护性并增强 cobrapy 的焦点。cobra模型的绘图适用于另一个包。